După o legendă, numele de Boureni ar proveni din timpul descălecatului lui Dragoş Vodă. Acesta, urmărind bourul cu căţeaua Molda – de unde îşi trage numele atât râul Moldovei, cât şi provincia Moldova –, a reuşit să-l prindă şi să-l răpună chiar pe locul acesta căruia acum i se spune Boureni.
Nu se ştie precis data înfiinţării schitului, dar se ştie că a dăinuit vreme de câteva secole până prin anii 1860-1864, când, odată cu secularizarea averilor mănăstirești din Ţările Române, a fost desfiinţat şi acest schit, devenind apoi biserică parohială a satului Boureni. Însă după câtva timp a fost reînfiinţat ca aşezământ monahal, fiind rectitorit de familia Sturzeştilor – Constantin şi Mihai Sturza, după cum se putea vedea la începutul secolului al XX-lea pe un portal de sub clopotniţă: „Schitul Boureni – ctitoria Sturzeştilor”.
Trebuie reţinut că Schitul Boureni nu era unde este acum, ci jos, lângă cimitirul parohiei, şi din tot complexul de atunci – biserică, clopotniţă, două clădiri (un corp de chilii, celălalt conținând stăreţia, bucătăria și trapeza) – acum mai este doar clopotniţa, ce astăzi deserveşte parohia Boureni. În timpul celui de-al Doilea Război Mondial, linia frontului trecând prin acea zonă, schitul şi satul Boureni au fost arse și distruse, rămânând prin minune numai clopotniţa.
După război schitul a fost mutat mai sus, lângă pădure, pe moşia boierului Huzerescu, la rugămintea acestuia construindu-se biserica cu hramul Sfinţii Împăraţi Constantin şi Elena, existentă şi astăzi.
După decretul 410 din anul 1959 multe mănăstiri şi schituri au rămas pustii, unele fiind chiar distruse în anii următori. Atunci şi Schitul Boureni a fost închis, rămânând în această stare până în anul 1990, când s-au stabilit aici câţiva călugări din Mănăstirea Cernica, iar din anul 1992 schitul a fost încredinţat Mănăstirii Sihăstria.
În ultimii ani s-au făcut mai multe înnoiri, precum: un corp de chilii cu bucătărie şi trapeză, egumenia, o gospodărie anexă ş.a.